Em que casos se emprega hífen entre prefixo e o segundo elemento?

Quando o prefixo termina por uma vogal e o segundo elemento começa pela mesma vogal
ou quando o segundo elemento começa por h.

Na prática: aplica‑se o hífen para separar vogais idênticas entre prefixo e palavra seguinte e sempre que a palavra seguinte inicia por h.

Exemplo:
micro-organismo — o prefixo micro termina em o e organismo começa em o, portanto usa‑se hífen: micro-organismo.
pré-história — o segundo elemento começa por h, logo emprega‑se hífen: pré-história.