Como garantir que, ao atualizar a contagem de uma palavra numa lista de pares [palavra, contagem], não seja acrescentada uma entrada duplicada?

Explicação:
Percorra os índices das sublistas para poder alterar a contagem diretamente (mutabilidade).
Ao localizar correspondência, incremente a posição 1 da sublista e saia imediatamente com return — isso evita que, depois de atualizar, a função continue e adicione um novo par.
Se o loop terminar sem encontrar a palavra, adicione no final com contagem 1. Essa abordagem opera in-place e tem custo linear no número de entradas.

Exemplo:
Lista inicial: [["maçã",2], ["laranja",1]]
Chamada: inclui(lista, "laranja") — após a execução: [["maçã",2], ["laranja",2]]
Chamada: inclui(lista, "uva") — após a execução: [["maçã",2], ["laranja",2], ["uva",1]]

Código ilustrativo:

def inclui(lista, subst):
    for i in range(len(lista)):
        if lista[i][0] == subst:
            lista[i][1] += 1
            return
    lista.append([subst, 1])