O 'Substituir Tudo' localiza sequências dentro de palavras maiores por padrão?

Sim.

Explicação:
Por padrão o Word encontra a sequência digitada como substring e o comando Substituir Tudo troca todas as ocorrências, inclusive quando fazem parte de palavras maiores.
Marque Localizar apenas palavras inteiras para limitar a busca a palavras isoladas.