Como reconhecer se o segmento inicial "oni-/oní-" tem valor de "tudo" (latim omni-) ou pertence a outra raiz etimológica?

Verifica-se a etimologia: se o segmento provém do latim omni-, tem sentido de "tudo"; se vem de outra raiz (p.ex., topônimo ou grego), não carrega essa ideia.

Procure a origem histórica da palavra e a correspondência semântica.
Se nas formas antigas aparecer omni- ou equivalentes latinos e o sentido for de totalidade, é o prefixo omni-.
Se a origem remete a um nome próprio, topônimo ou a uma raiz grega distinta, então o segmento não significa "tudo".

Exemplo:
Omnipresente — do latim omni- ("todo") + -presente: significa "presente em toda parte".
Jônico — do grego Iōnikós (relativo a Iônia): não tem o sentido de "tudo", é de origem toponímica.