Os tributos recuperáveis incidentes na aquisição do estoque (ex.: ICMS) integram o custo unitário do estoque?

Não.

Tributos recuperáveis são excluídos do custo do estoque; devem ser descontados do preço de aquisição. O critério PEPS apenas determina a ordem de saída, não altera o cálculo do custo unitário da compra.

Exemplo:
Compra por R$ 100,00 com ICMS recuperável de 18%.
\(100 - 0{,}18\times100 = 100\times(1-0{,}18) = 82{,}00\)
Portanto, o custo unitário do estoque será R$ 82,00.