O SPED mantém funcionalidades exclusivas dos órgãos de registro para autenticação de livros mercantis?

Sim.

Explicação:
O SPED integra a escrituração digital, mas preserva módulos e controles de acesso exclusivos para os órgãos de registro, permitindo que estes efetuem a validação formal e a autenticação dos livros mercantis, mantendo a validade jurídica dos atos.

Exemplo:
Uma empresa transmite sua escrituração pelo SPED.
A Junta Comercial acessa um módulo restrito do sistema, confere os requisitos formais e aplica a autenticação eletrônica (protocolo/assinatura), garantindo o registro e a fé pública do livro.