A remoção da extensão de um arquivo altera sua estrutura interna ou apenas afeta a associação automática a programas?

Resposta

Não; a remoção da extensão não altera a estrutura interna do arquivo, apenas prejudica a associação automática ao programa adequado.

Explicação:
A extensão faz parte do nome e indica ao sistema qual aplicativo usar.
Removê‑la não muda os bytes nem converte o formato; os dados permanecem os mesmos.

Na prática, o arquivo pode não abrir por duplo‑clique, mas pode ser aberto manualmente via Abrir com ou restaurando a extensão.
Alguns programas usam a assinatura (magic number) nos primeiros bytes para identificar o formato, mas a extensão é o método mais comum de associação.