Quais são os dois modos básicos de iluminação em microscopia e quando cada um é aplicado?

Iluminação transmitida (de baixo) e iluminação refletida/epi (de cima).

Explicação:
Transmitida: luz passa pela amostra; indicada para materiais finos ou transparentes.
Refletida/epi: luz incide sobre a superfície e é coletada; indicada para amostras opacas ou inspeção de superfícies.
Ambos os modos podem ser usados em estereomicroscópios e em microscópios compostos, dependendo da aplicação, não sendo exclusivo de um tipo de instrumento.

Exemplo:
Inspeção de uma placa de circuito impresso (soldas, trilhas) → iluminação refletida para ver detalhes da superfície.
Observação de células de algas em suspensão → iluminação transmitida para que a luz atravesse a amostra e revele estruturas internas.