Por que a velocidade de fase de uma onda eletromagnética em um meio material é diferente da do vácuo?

Porque o campo da onda faz oscilar as cargas ligadas, que emitem ondas secundárias defasadas, e a superposição dessas ondas muda a fase da onda resultante.

Explicação:
A interação do campo eletromagnético com cargas vinculadas (elétrons em átomos/moléculas) induz oscilações que geram ondas secundárias. Essas ondas se somam à incidente com deslocamento de fase, produzindo uma onda resultante cuja velocidade de fase é \(v=\dfrac{c}{n}\), diferente de \(c\).

Exemplo:
Luz numa fibra óptica com índice de refração \(n=1{,}5\):
\(v=\dfrac{c}{n}=\dfrac{3{,}0\times10^{8}\ \mathrm{m/s}}{1{,}5}=2{,}0\times10^{8}\ \mathrm{m/s}\).
As cargas no material emitem ondas secundárias defasadas, retardando a fase e reduzindo a velocidade efetiva em relação ao vácuo.