Em locuções com "haver por bem", o verbo "haver" é pessoal e deve concordar com qual elemento da oração?

Com o sujeito da oração, expresso ou oculto.

O verbo haver na locução haver por bem é pessoal e concorda em número com o sujeito da oração.
Se o sujeito for oculto e corresponder a um núcleo plural, o verbo vai para o plural; se for singular, permanece no singular.
Exemplo:
Ele decidirá, se houver por bem aceitar a proposta.
Eles decidirão, se houverem por bem aceitar a proposta.