Como a substituição de um verbo de existência por um verbo de composição altera o sentido da frase?

Resposta

Porque o verbo de existência indica mera presença/parte, enquanto o verbo de composição indica constituição/totalidade.

Explicação:
O verbo de existência (ex.: há) afirma que algo existe no contexto, sem excluir a presença de outros elementos.
O verbo de composição (ex.: compõe-se de) indica que os elementos citados formam o todo, ou seja, constituem exclusivamente aquilo descrito.

Exemplo:
No museu, há três pinturas valiosas. — indica que existem três pinturas valiosas entre possivelmente outras peças.
O museu compõe-se de três pinturas valiosas. — indica que o museu é formado apenas por essas três pinturas.