O pretérito mais-que-perfeito simples e o composto diferem quanto ao valor temporal ou apenas ao estilo/registro?

Não diferem no valor temporal: ambos indicam anterioridade; a diferença é de estilo/registro.

Ambas as formas exprimem que uma ação ocorreu antes de outra no passado. O composto (ex.: já havia saído) é mais comum na fala e na escrita corrente; o simples (ex.: já saíra) tem tom mais literário.

Exemplo:
Quando entrei, ela já havia terminado a tarefa.
Quando entrei, ela já terminara a tarefa.
Ambas as frases indicam que a tarefa foi concluída antes da entrada; a diferença é apenas de registro.