Qual valor substitui o custo do estoque quando este não é recuperável?

Valor realizável líquido (VRL).

Explicação:
O VRL é o preço de venda estimado menos os encargos que reduzam esse valor: custos de conclusão, gastos para efetivar a venda e tributos.
A redução é feita, em regra, item a item, salvo quando itens homogêneos não podem ser avaliados separadamente; a baixa deve ser revertida se as circunstâncias que a motivaram desaparecerem.

Fórmula:
\( \text{VRL} = \text{preço de venda estimado} - \text{custos de conclusão} - \text{gastos para a venda} - \text{tributos} \).

Exemplo:
Uma empresa tem 200 unidades de um produto com preço de venda estimado de R$ 30,00/uni; custos de conclusão R$ 4,00/uni; gastos para venda R$ 1,50/uni; tributos R$ 2,50/uni.
\( \text{VRL por unidade} = 30{,}00 - 4{,}00 - 1{,}50 - 2{,}50 = 22{,}00 \).
Se o custo por unidade for R$ 25,00, deve-se baixar o estoque para R$ 22,00, reconhecendo a perda de R$ 3,00 por unidade como despesa.