A base de cálculo da depreciação fiscal inclui o valor residual do ativo?

Sim. Fiscalmente a depreciação costuma incidir sobre o custo integral, o que faz com que o montante correspondente ao valor residual seja reduzido pela depreciação fiscal ao longo da vida útil.

Explicação:
Contabilmente a depreciação incide sobre o valor depreciável = custo − valor residual.
Fiscalmente, a norma costuma permitir a depreciação sobre o custo total, ou seja, sem deduzir o valor residual, fazendo com que a parcela do residual seja "consumida" pela depreciação para fins fiscais.

Exemplo:
Ativo com custo = 50.000, valor residual = 5.000, vida útil = 10 anos.
Depreciação contábil anual: \( \frac{50.000 - 5.000}{10} = 4.500 \)
Depreciação fiscal anual: \( \frac{50.000}{10} = 5.000 \)
Conclusão: ao final dos 10 anos a depreciação fiscal totaliza 50.000 (consumindo também os 5.000 do residual), enquanto a depreciação contábil totaliza 45.000, mantendo o residual de 5.000 no patrimônio.