A ordem temporal dos fluxos de caixa altera o VPL?

Sim. O VPL depende das datas: fluxos maiores ocorrendo mais próximos aumentam o VPL, pois sofrem menor desconto.

Explicação e exemplo
Raciocínio: o VPL é a soma dos fluxos descontados; mover um fluxo maior para períodos mais distantes reduz seu valor presente e, portanto, pode diminuir o VPL.

Exemplo:
Investimento inicial -R$1.000, taxa r = 10% (aprox.: 0,91; 0,83; 0,75):
\(VPL_1 = -1000 + 600\times0{,}91 + 300\times0{,}83 + 200\times0{,}75 = -55\)
Ordem invertida dos fluxos:
\(VPL_2 = -1000 + 200\times0{,}91 + 300\times0{,}83 + 600\times0{,}75 = -119\)
Logo, o VPL caiu R$64 porque o maior fluxo passou a ocorrer em data mais distante.