A mão-de-obra indireta é, por natureza, um custo da qualidade?

Não.

Explicação:
A mão-de-obra indireta é, em geral, um custo de overhead de produção; ela só se torna um custo da qualidade se for rastreada e mensurada especificamente como gasto em atividades de prevenção, avaliação ou em correção de falhas (internas ou externas). Caso contrário, permanece classificada como encargo geral de produção.

Exemplo:
Uma equipe de manutenção tem custo anual de R$50.000,00; 20% do tempo é dedicado à calibração de equipamentos de ensaio, atividade de prevenção de qualidade. A parcela atribuída aos custos da qualidade é \(50000 \times 0.20 = 10000\).