De que forma a Ebserh pode prestar serviços às instituições federais de ensino e qual limite deve ser observado?

Por contrato, para execução de serviços compatíveis com suas competências,
respeitando o princípio da autonomia universitária.

Atuação mediante instrumentos contratuais de parceria: a Ebserh executa serviços hospitalares, administrativos e de apoio que sejam compatíveis com sua finalidade, mediante contratos com instituições de ensino ou congêneres.
O limite essencial é não interferir nas decisões acadêmicas e administrativas próprias da universidade — como escolhas de conteúdo curricular, atividades de ensino e pesquisa e decisões disciplinares — que permanecem sob a competência da instituição de ensino.

Exemplo:
Uma universidade contrata a Ebserh para gerir o sistema de prontuário eletrônico, a manutenção da infraestrutura de TI e o suporte técnico dos serviços clínicos. A Ebserh administra esses serviços operacionais e fornece treinamento ao pessoal, mas não participa das decisões sobre grade curricular, programas de pós‑graduação ou critérios acadêmicos de avaliação.