A respeito de bioinformática e de temas correlatos, julgue o item a seguir. Entre as técnicas de sequenciamento de próxima geração (NGS) em bioinformática, o algoritmo de Needleman

Gabarito

Errado

Comentário do professor

A afirmação é incorreta. O algoritmo de Needleman-Wunsch implementa alinhamento global entre duas sequências, isto é, tenta otimizar o alinhamento ao longo de todo o comprimento de ambas.

O alinhamento local entre subsequências é realizado por outro algoritmo clássico, o Smith-Waterman, que busca a melhor região alinhada entre as duas sequências.

Além disso, o mapeamento de leituras de NGS contra um genoma de referência demanda algoritmos e índices especializados, como Burrows-Wheeler Transform, FM-index e estratégias seed-and-extend, porque o método de programação dinâmica de Needleman-Wunsch tem custo de tempo e memória da ordem de \(n \times m\), inviável para milhões de leituras e genomas grandes.

Portanto, afirmar que Needleman-Wunsch é usado para alinhamento local em NGS está errado.