Questão FC445832
O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir. As matrizes de sub
Biotecnologia
CEBRASPE (CESPE) · 2025
O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.
As matrizes de substituição são fundamentais para a realização de alinhamentos de sequências biológicas, e as variantes BLOSUM e PAM são o padrão em programas como o CLUSTAL W e BLAST, visto que elas modulam a taxa de substituição entre os aminoácidos e nucleotídeos que fornecem escores para as lacunas (gaps).
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Gabarito
Errado
Comentário do professor
A afirmação está errada porque confunde funções e escopos distintos. As matrizes de substituição, como BLOSUM e PAM, fornecem escores para **substituições entre aminoácidos**, baseados em frequências observadas ou em modelos evolucionários. Elas são usadas em programas como CLUSTALW e BLAST para avaliar similaridade de resíduos.
As **lacunas** (gaps) não são pontuadas por essas matrizes. O tratamento de lacunas é feito por esquemas de penalidade, tipicamente por **penalidade afim** (abertura + extensão), que são parâmetros distintos dos escores de substituição.
Além disso, BLOSUM e PAM são matrizes específicas para **aminoácidos**; para nucleotídeos usam-se modelos/placares diferentes (por exemplo, escore simples de match/mismatch ou modelos de substituição de nucleotídeos). Em resumo: substituições e lacunas são pontuadas por sistemas separados e BLOSUM/PAM atuam somente na primeira classe.
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