Quando uma sociedade se caracteriza como empresa controlada por um Ente da Federação?

Sociedade cuja maioria do capital social com direito a voto pertence, direta ou indiretamente, a um Ente da Federação.

Explicação:
«Maioria» significa possuir mais de 50% dos direitos de voto, conferindo capacidade de direcionar decisões e eleger a administração.
«Direta» é quando o Ente detém as ações diretamente; «indireta» ocorre via outra pessoa jurídica controlada pelo Ente.

Exemplo:
Direto: o Estado detém 55% das ações com direito a voto de uma empresa de água — a empresa é controlada pelo Estado.
Indireto: um Município possui 100% de participação em uma holding; essa holding detém 60% das ações de uma empresa de transporte — o Município controla indiretamente a empresa.