O Poder Executivo pode extinguir cargos públicos por decreto mesmo quando ocupados?

Sim, pode extinguir cargos por decreto, inclusive se ocupados.
Limites: reserva de lei quando houver efeitos sobre direitos adquiridos, remunerações ou criação de despesas permanentes.
Observância de princípios e normas sobre servidores; proteção dos ocupantes depende de garantias legais como estabilidade, readaptação ou redistribuição.